Die ersten buddhistischen Tempel in der Mongolei wurden während der Hunnenzeit errichtet, die im 3. Jahrhundert v. Chr. begann.

Von 330 bis 550 n. Chr., in der Periode der Mongol-Nirun, war der Buddhismus zur Staatsreligion geworden, und mehr als zehn Könige erhielten ehrende buddhistische Titel. Dennoch wurde der Buddhismus vom gemeinen Volk nicht praktiziert, das weiterhin schamanischen Ahnentraditionen folgte.

Der Buddhismus wurde während der Zeit des Yuanreiches zum zweiten Mal zur Staatsreligion der Mongolei, als Kublai Khan Lama Pagva zum spirituellen Führer der Nation machte.

Nach dem Zusammenbruch des Yuanreiches wurde der Schamanismus jedoch wieder zur populärsten Religion.

Im 16. Jahrhundert wurde der Buddhismus zum dritten Mal zur Staatsreligion der Mongolei. 1587 war Altan Khan der erste, der Sodnomjamts, dem Anführer der "Gelbmützen"-Sekte des tibetischen Buddhismus, den Titel des Dalai Lama verlieh, was "Ozean der Weisheit" bedeutet.

Dennoch wurde der Buddhismus vom gemeinen Volk erst ab dem 19. Jahrhundert wirklich praktiziert. Der Höhepunkt der Entwicklung des Buddhismus in der Mongolei wurde am Ende des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts erreicht. Mit Unterstützung der Mandschuren wurden mehr als 700 Klöster im ganzen Land errichtet, in denen über 30.000 Lamas lebten.

Die Mandschuren verfolgten eine Politik der Förderung des Buddhismus in der Mongolei, teilweise um die lokale Kultur zu zerstören, und teilweise um potenzielle politische Widerstände gegen ihr Regime zu minimieren, indem sie sicherstellten, dass ein großer Teil der männlichen Bevölkerung in Klöstern tätig war. Anfang des 20. Jahrhunderts gab es 115.000 Lamas in der Mongolei, was 20% der Gesamtbevölkerung und mehr als ein Drittel der männlichen Bevölkerung des Landes entsprach. Jungen wurden typischerweise bereits im Alter von fünf oder sechs Jahren in Klöstern eingeschrieben, wo sie unter der Anleitung alter Lamas aufwuchsen.

1911 wurde die Mongolei ein unabhängiger Religionsstaat mit dem 8. Bogd Khan als Anführer. Nach der Volksrevolution von 1921 begann der Buddhismus jedoch zu verfallen, und in den 1930er und 1940er Jahren wurden fast alle mongolischen Klöster von der Regierung zerstört, um die Staatsreligion abzuschaffen.

Die Form des in der Mongolei praktizierten Buddhismus wurde stark von den rituellen und mystischen Praktiken des Tantrismus beeinflusst, was sich besonders im Glauben an die übernatürliche Kraft heiliger Worte widerspiegelt. Dieser Glaube nimbyen die Form von gedruckten Büchern oder Flaggen und rezitierten Mantras an.

In der "Gelbmützen"-Sekte des Buddhismus ist das Buch das heiligste Objekt. Es ist die Quelle der Weisheit, die dem Menschen hilft, seinem Leiden zu entkommen. Im Falle von Krankheit oder Unglück sowie in Zeiträumen, die astrologische Tabellen anzeigen, halten es die Mongolen für angebracht, bestimmte Bücher zu lesen oder von Lamas lesen zu lassen. Typischerweise wird nicht das gesamte Buch gelesen, sondern die Dharani, Serien von Texten und magischen Silben, die die Essenz des betreffenden Buches enthalten. Jede Familie betrachtet es als sehr glückverheißend, im Besitz einer religiösen Sutra zu sein, die in Stoff gefaltet und sorgfältig im hinteren Bereich der Jurte aufbewahrt wird. Nur ein Lama darf diese Sutra berühren. So wird sie nicht als solche gelesen, sondern als Symbol ihres Inhalts aufbewahrt, der als einflussreich angesehen wird, unabhängig davon, ob er gelesen wird oder nicht.

Die Mongolen glauben auch, dass das Anbringen einer Gebetsflagge (khiimoriin dartsag) auf einem Pfahl im hinteren Bereich ihrer Jurte ihnen Unterstützung im täglichen Leben bringt. Es wird angenommen, dass die auf der Flagge geschriebenen Worte durch den kontinuierlichen Windhauch "aktiviert" werden. Auf die gleiche Weise können Gebete aktiviert werden, indem man ein Buch an den Kopf hält oder das Rad einer Gebetsmühle dreht, ein zylindrisches Gerät, das Hunderte von Gebeten enthält.