Der Zusammenbruch des Mongolischen Reiches führte zu einer schweren Krise in der mongolischen Gesellschaft. Diese Periode wird in der Historiographie als "das Zeitalter der Unterkhane" bezeichnet. Tatsächlich herrschten die Führer der Mongolei nach 1368 nur kurze Zeit und befanden sich in ständiger Krise mit dem Adel. Der Khan verlor einen großen Teil seiner Macht. Die lokalen Herren begannen, sich in ihren Angelegenheiten selbstständig zu machen. Die ehemals vereinigte mongolische Nation zerfiel.

Die Oiraden spalteten sich ab und bildeten ihre eigene Monarchie. Die Mongolei trennte sich in einen östlichen und einen westlichen Teil. Der östliche Teil spaltete sich selbst in inneres und äußeres Gebiet. Die Oiraden waren sehr aktiv und führten gelegentlich Überfälle in Zentralasien durch.

Die mongolische Sprache zerfiel ebenfalls in mehrere unterschiedliche Dialekte, die später zu eigenständigen Sprachen wurden. Allerdings war die Zeit des 15.-17. Jahrhunderts von bedeutenden Gelehrten und Dichtern geprägt. Zum Beispiel war der Prinz Tsogt nicht nur ein Kämpfer, sondern auch ein Dichter und Philosoph.

Der Buddhismus kam im 16. Jahrhundert nach der Mongolei. 1572 konvertierte Khan Altan zum Buddhismus und verwarf damit die alten schamanistischen Glaubenssysteme. Der Buddhismus vermittelte den Mongolen Literatur, Philosophie, Theologie und Naturwissenschaften.

Die Vorherrschaft des Khan war in der postimperialen Mongolei begrenzt. 22 Khane herrschten zwischen 1370 und 1634 über die Mongolei. Der Prinz Oirad ergriff 1450 den Thron und brach damit die Tradition der Nachkommen Dschingis Khans. Fünf Jahre später wurde die Dynastie wiederhergestellt.

1470 einigte Khan Batmönh die Mongolei für 40 Jahre. Doch sein Tod führte zu einer noch größeren Zersplitterung.

Die Zeit des 15.-17. Jahrhunderts markierte die Entstehung zahlreicher Rechtsdokumente durch mongolische Herren. Während des Reiches regierte das Große Gesetz Yasa allein die Gesellschaft. Als daher jeder Prinz unabhängig werden wollte, produzierten sie zahlreiche Gesetze und andere verbindliche Dokumente. Zum Beispiel war der Rechtskodex des Khan Altan in der Region Tumed gültig. "Das Mongolisch-Oiradische Gesetz" und "Der Religiöse Kodex" gehören zu den wichtigsten.

1575 kamen die Mandschuren an und griffen die chinesische Ming-Dynastie an. Ihr Anführer Nurhaci erklärte sein Reich 1616 zum Ching. Die mandschurische Armee fiel in die Mongolei ein und übte Druck auf die mongolischen Herren aus.

1636 gaben die Ratsprinzen der Inneren Mongolei ihre Niederlage zu und erkannten die Autorität des mandschurischen Kaisers an. Der letzte der Gengis-Khan-Linie, Khan Ligden, widerstand den Mandschuren bis zu seinem Tod 1634. Dies war das Ende einer großen Dynastie. Die Situation verschärfte sich, da einige Mongolen der mandschurischen Armee beitraten, um an ihren Siegen teilzuhaben.

1691 beschlossen die Prinzen der Äußeren Mongolei, die Herrschaft des aufstrebenden mandschurischen Reiches zu akzeptieren, wobei Zungarien zur einzigen unabhängigen mongolischen Provinz wurde.