Die Mandschuren eroberten die Innere und Äußere Mongolei und integrierten sie in ihr Reich. Der mandschurische Kaiser wurde dadurch zum Souverän der Mongolei. Dennoch behielten die meisten mongolischen Adeligen ihre Titel. Die Qing-Regierung reorganisierte mit deren Zustimmung die Verwaltung der Inneren Mongolei.

Die 24 Provinzen der Inneren Mongolei wurden in 6 Regionen unterteilt. Das Qing-Reich ernannte einen Gouverneur für die Äußere Mongolei, der in der Stadt Uliastai residierte. Es gab zudem eine weitere Regierungsstelle in der Stadt Ih Huree, die die Innere Mongolei verwaltete. Als die West-Mongolei schließlich den Mandschuren unterlag, errichteten diese 1725 die Verwaltung von Khovd. Die mandschurische Regierung schuf vier Provinzen, darunter die Provinz des Khan Sain, benannt nach seinem Beitrag im Krieg gegen die Oiraten.

Als sich die Mongolen 1639 zum Buddhismus bekehrten, wählten sie einen Oberen an der Spitze der Buddhistischen Kirche, mit dem Titel Bogd. Der Bogd war für religiöse Angelegenheiten verantwortlich, und als die Mandschuren kamen, behielten sie ihn als offiziellen buddhistischen Anführer. Ein Spezialministerium kontrollierte die Handlungen des Bogd und die buddhistischen Zeremonien. Auf diese Weise schuf das Qing-Reich eine äußerst ausgefeilte Verwaltung, Steuersysteme und politische Regelungen für die Innere und Äußere Mongolei.

Die Mongolen leisteten gegen den mandschurischen Imperialismus Widerstand durch Rebellionen und Aufstände. 1755 führte eine große Anzahl von Mongolen einen Angriff an, der die West-Mongolei umzingelte. Unter den Rebellen befanden sich der Boschi Galdan, Amarsanaa und Chingunjav. Der Angriff war anfangs erfolgreich, doch die Mandschuren gewannen schließlich die Oberhand und bestraften die Aufständischen schwer. Amarsanaa floh aus der Mongolei und fand Zuflucht in Russland, wo er starb. Die anderen wurden hingerichtet.

Die mandschurischen Gesetze in der Mongolei umfassten alle Aspekte des mongolischen Lebens. Das « Halh Juram », das zwischen 1709 und 1795 gültig war, war das Rechtsdokument dieser Epoche. Es gab auch die « Rechtlichen Schriften der Inneren Mongolei », die 1817 verabschiedet wurden. Es handelte sich um 63 Bände mit verschiedenen Rechtsgegenständen.

In der Zeit der mandschurischen Herrschaft erlebte die mongolische Literatur eine Blüte. Dichter und Schriftsteller schufen bemerkenswerte religiöse und weltliche Werke. Der berühmteste war der Mönch Danzanrawjaa, der im 19. Jahrhundert lebte und ein großer Dramatiker war. Sein bekanntestes Werk war « Saran höhöö ».

Die mandschurische Regierung unterdrückte jede Idee von Autonomie in der Mongolei. Infolgedessen verbrachte die Mongolei das 19. Jahrhundert als unbedeutende Region des Qing-Reiches.